Στην αγορά της αεριοκίνησης στοχεύει η ΔΕΠΑ με στόχο να αυξήσει τις πωλήσεις φυσικού αερίου εκμεταλλευόμενη τις , προοπτικές  που ανοίγει η κίνηση των αυτοκινήτων με φυσικό αέριο. Παρότι ακόμα στην Ελλάδα ο αριθμός των ιδιωτικών αυτοκινήτων που κινούνται με φυσικό αέριο παραμένει περιορισμένος, πρόσφατες εκτιμήσεις δείχνουν ότι παγκοσμίως τα οχήματα  που κινούνται με φυσικό αέριο φτάνουν τα 11,5 εκατομμύρια, ενώ στην Ευρώπη κυκλοφορούν πάνω από 1,5 εκατομμύρια οχήματα.

Η Ευρωπαϊκή Ένωση, στο πλαίσιο της πολιτικής της για μείωση των εκπομπών αερίων του θερμοκηπίου και διαφοροποίησης του μείγματος καυσίμων, συνιστά στις κυβερνήσεις την θέσπιση κινήτρων για την υιοθέτηση του φυσικού αερίου στην αυτοκίνηση, με στόχο τον περιορισμό της εξάρτησης από το πετρέλαιο και την προστασία του περιβάλλοντος. 

Η ΔΕΠΑ, τα τελευταία χρόνια, δραστηριοποιείται στη δημιουργία της απαραίτητης υποδομής για την τροφοδοσία με φυσικό αέριο οχημάτων και  σήμερα τροφοδοτεί 600 λεωφορεία ΟΣΥ (πρωην ΕΘΕΛ), (20% των λεωφορείων του ΟΑΣΑ), και 102 απορριμματοφόρα δήμων.

Η εταιρία διαθέτει δύο σταθμούς ανεφοδιασμού στην Αττική, στις περιοχές της Ανθούσας και των Άνω Λιοσίων. Η δυναμικότητα τους ανέρχεται στα 5.000 κυβικά μέτρα/ώρα (Nm3/h), κατατάσσοντας τους ανάμεσα στους μεγαλύτερους στην Ευρώπη. Από το Σεπτέμβριο του 2010, ο σταθμός της Ανθούσας λειτουργεί και ως πρατήριο λιανικής πώλησης για τον ανεφοδιασμό οχημάτων επαγγελματικής και ιδιωτικής χρήσης με κινητήρα φυσικού αερίου ή διπλού καυσίμου. Στα άμεσα σχέδια της ΔΕΠΑ είναι η λειτουργία ως πρατηρίου λιανικής πώλησης και του σταθμού Άνω Λιοσίων. 

Στο πλαίσιο του προγράμματος “Fysikon” Πρατήρια λιανικής πώλησης για τον ανεφοδιασμό οχημάτων επαγγελματικής και ιδιωτικής χρήσης με κινητήρα φυσικού αερίου ή διπλού καυσίμου λειτουργούν στην Αττική, στην Κηφισιά (Λεωφόρος Κηφισίας 264), στην Νέα Φιλαδέλφεια (8ο Χλμ Εθνικής Αθηνών Θεσσαλονίκης - ρεύμα προς Λαμία), και στην Θεσσαλονίκη, στην Πυλαία (Λεωφόρος Γεωργικής Σχολής 128). 

Me στόχο την περαιτέρω διείσδυση του φυσικού αερίου στην κίνηση των οχημάτων στη χώρα, η ΔΕΠΑ πρόκειται να προχωρήσει στην εγκατάσταση αντλιών τροφοδοσίας συμπιεσμένου φυσικού αερίου (CNG) σε πρατήρια υγρών καυσίμων στις μεγάλες πόλεις του εθνικού άξονα Αθήνας-Θεσσαλονίκης, Λαμία, Λάρισα και Βόλο. Προωθείται επίσης η χρήση φυσικού αερίου στην κίνηση οχημάτων της Θεσσαλονίκης σε συνεργασία με τον Δήμο Θεσσαλονίκης και  την υπογραφή Μνημονίου Συνεργασίας μεταξύ του Δήμου και της ΔΕΠΑ.