Με τις αλλαγές που έγιναν στο καθεστώς των προστίμων, καταργούνται τα αυτοτελή πρόστιμα που επιβάλλονταν από τις φορολογικές αρχές μετά από έλεγχο για κάθε απόδειξη που δεν είχε εκδοθεί.

Επίσης, παρελθόν αποτελούν τα αυτοτελή πρόστιμα που επιβάλλονταν για έκδοση πλαστών και εικονικών τιμολογίων, καθώς επίσης και για αποδοχή εικονικών τιμολογίων.

Παράλληλα εκλογικεύονται τα πρόστιμα τα οποία επιβάλλονται σε περιπτώσεις υποβολής ανακριβών δηλώσεων και μη υποβολής δηλώσεων, ενώ καθιερώνονται νέου τύπου πρόστιμα για τη φοροδιαφυγή στον ΦΠΑ. Ειδικότερα στην περίπτωση της μη έκδοσης αποδείξεων καταργούνται τα αυτοτελή πρόστιμα των 250 ευρώ (για όσους τηρούν απλογραφικά βιβλία) και 500 ευρώ (για τα διπλογραφικά βιβλία) που επιβάλλονταν για κάθε απόδειξη που δεν είχε εκδώσει ο επιχειρηματίας ή ο ελεύθερος επαγγελματίας.

Τα πρόστιμα τα οποία έφταναν έως 30.000 ευρώ ανάλογα με το πλήθος των αποδείξεων περιορίζονται μόνο σε ένα πρόστιμο ίσο με το 50% του ΦΠΑ που αναλογεί στην αξία των αποδείξεων που δεν εκδόθηκαν. Με τις αλλαγές αυτές, ευνοούνται όσοι συνηθίζουν να μην εκδίδουν αποδείξεις σωρηδόν, αλλά και όσοι δεν υπάγονται σε καθεστώς ΦΠΑ, όπως είναι οι γιατροί και οι επιχειρήσεις παροχής ιδιωτικής εκπαίδευσης, οι οποίοι δεν αντιμετωπίζουν πλέον την επιβολή κανενός προστίμου, αν εντοπιστούν να μην κόβουν αποδείξεις.

Σε περίπτωση όπου δεν συνεργάζεται ο φορολογούμενος κατά τη διενέργεια ελέγχου επιβάλλεται πρόστιμο 2.500 ευρώ, ενώ καταβάλλεται προσπάθεια να φτάνουν στη Δικαιοσύνη μόνο οι «σοβαρές» κατά τον νομοθέτη παραβάσεις φοροδιαφυγής. Τα πρόστιμα για έκδοση πλαστών τιμολογίων καταργούνται, αλλά έρχονται αυτεπάγγελτες ποινικές διώξεις για κάθε απόκρυψη φορολογητέας ύλης με ΦΠΑ πάνω από 50.000 ευρώ ή 100.000 ευρώ για οποιοδήποτε άλλο φόρο